Trama
Giovanni, el líder del Equipo Rocket, obtiene la pestaña del legendario Pokemon Mew. Emplea al Dr. Fuji para crear un clon de Mew, dando lugar a Mewtwo. En el laboratorio, Mewtwo se une a otros clones, incluyendo la conciencia de la hija fallecida de Fuji. Todos los clones se descomponen y mueren con el tiempo para horror de Mewtwo.
Fuji intenta sedar a Mewtwo y hacerle olvidar todo. Tras despertar más tarde, Mewtwo se da cuenta de que no significa nada para los científicos y destruye el laboratorio. Giovanni intenta manipular a Mewtwo, pero éste huye y crea una trampa en Isla Nueva. Ash Ketchum y sus amigos se ven entonces atrapados en esta trama de venganza.