En una sociedad subterránea creada por el hombre, los descendientes de una generación desterrada compiten por el control de la desmoronada ciudad de Lux. Ichise, un huérfano convertido en boxeador, pierde una pierna y un brazo para satisfacer a un enfurecido promotor de peleas. Al borde de la muerte, es acogido por una joven doctora y utilizado como conejillo de indias para la próxima evolución de Texhnolyze. Con sus nuevas extremidades, Ichise es tomado bajo el ala de Oonishi, un poderoso líder de Organ, una organización con cierto dominio sobre Lux. A medida que Ichise se ve arrastrado a una guerra por el control territorial de la ciudad, se entera de su posible futuro gracias a la joven profeta Ran, que le guía desde las sombras en sus momentos más oscuros. Con el estallido de la guerra, Ichise debe descubrir la verdad sobre Lux y luchar por su supervivencia mientras se da cuenta de su destino.