"Código Lyoko" cuenta la historia de un grupo de estudiantes que descubren un universo paralelo llamado Lyoko dentro de un superordenador que está amenazado por un programa renegado llamado XANA que podría destruir el mundo. Cuatro estudiantes de un internado llamados Jeremy, Yumi, Ulrich y Odd tienen que ayudar a un ser humanoide dentro de Lyoko llamado Aelita a detener el programa renegado XANA y sus planes de atacar su mundo. Jeremy, que está enamorado de Aelita, se esfuerza durante la primera temporada por encontrar una forma de "materializar" a Aelita, para que pueda convertirse en humana saliendo de los escáneres que conectan a Odd, Ulrich y Yumi con Lyoko. Si Jeremy consigue esto, podrá cerrar Lyoko y derrotar a XANA. Somos testigos de cómo Jeremy finalmente materializa a Aelita y cumple su sueño. El grupo desactiva Lyoko, pero aparentemente XANA infectó a Aelita con un virus antes de materializarla, de modo que si XANA se va, ¡ella también! Al principio de la segunda temporada, asistimos a los albores de la nueva tecnología. Jeremy programa vehículos en Lyoko para viajar más rápido y hace un mejor programa de escaneo para detectar "torres activadas", ¡así Aelita puede vivir en la Tierra sin tener que quedarse en Lyoko para vigilar los ataques de XANA a la Tierra! Además, Jeremy anuncia que está trabajando en un antivirus lo suficientemente bueno como para salvar a Aelita de XANA. Franz Hopper, un brillante científico, parece estar relacionado con Aelita después de algunas investigaciones. Tras descubrir la banda de Lyoko la verdad, revela más sobre Aelita y XANA.